Это вам такое в опеке сказали? Если да, то выделяйте. Сделать это можно в простой письменной форме. Если вы это где-то вычитали, то сначала обязательно проконсультируйтесь в органах опеки. А то может получится ситуация, что у вас и в одной и в другой квартире будут детские доли.

У вас на руках есть распоряжение опеки, которая разрешает вам продать квартиру, где был использован Мк и выделить доли детям в другой вашей квартире?Если да, то вам нужно обращаться к нотариусу для этой сделки: если вы будете делать через дарение, то это обязательный нотариат + это совместно нажитое имущество