Будет ли считаться внесение этой суммы на уже приобретенную ипотеку, гдя я выступаю в роли созаемщика (не титульный заемщик).? И если нет как снизить налоговую базу, т.к. из официальных доходов только пенсия по инвалидности.?

Если залоговое имущество является совместной собственностью (т.е. заемщик ваша супруга и нет брачного договора исключающего вас из правообладателей), то вы оба собственники имущества вне зависимости от того, на кого оформлены документы. И соответственно созаемщик имеет право на имущественный вычет на общих основаниях. Кроме того, право собственности на залоговое имущество должно быть приобретено в этом году, если мы говорим о "взаимозачете". Т.е. в налоговой декларации должны быть определены сумма налога, которую вы обязаны уплатить с продажи, и сумма на которую вы вправе рассчитывать на возврат НДФЛ при покупке квартиры с фактически произведённых Вами расходов (с суммы не превышающей 2млн).
Снизить налоговую базу можно задействовав налоговый вычет в 1млн., если вы являеетесь налогоплательщиком. Т.е. (2,5 - 1)х13% = 195т.р. налог с продажи.