Добрый день. Задаток является самым лучшим способом обеспечения обязательств сторон по договору. Лучше него ничего не придумано.
Разумеется сумма внесенного задатка учитывается при взаиморасчетах и об этом делается соответствующее упоминание в тексте договора купли-продажи.
Ссылаться на соглашение или нет... это зависит от текста основного договора, там может содержаться формулировка о том, что достигнутые соглашения сторон по существу договора сделанные ранее утрачивают свою силу. Согласитесь, ссылаться на то, что уже неактуально как-то неправильно.
Юлия, начинающему риэлтору сделки лучше проводить под руководством более опытного наставника. Вы сейчас рискуете миллионами чужих рублей.

Договор о задатке действует до момента подписания основного договора. Таким образом ссылка на договор о задатке в ипотечном договоре не уместна. Лучше написать что сумма задатка "выплачена ДО ПОДПИСАНИЯ НАСТОЯЩЕГО ДОГОВОРА".

Здравствуйте. Попытки обучаться риэлторской деятельнсти на форуме, а потом обкатывать полученные знания на клиентах, могут привести к очень печальным последствиям. Не следует этого делать.

Добрый день. Да,задаток учитывается, и прописывается потом в договоре купли-продажи как : получил в качестве задатка ...сумму, и сумму... - после регистрации перехода права. Иногда участники сделки договариваются на сделке и возвращают задаток, а потом получают все единым платежом.

Добрый день, Юлия. Сумма внесённая в качестве задатка/аванса входит в стоимость квартиры. В ДКП по желанию, хотите, можете указать, что сумма Х внесена по договору о задатке/ об авансе. Можно и не упоминать. Если сделка не состоится, то обязательства вернуть предоплату или не вернуть, будет вытекать из этих договоров, а не из ДКП. После регистрации перехода права собственности, пишется расписка на сумму, указанную в ДКП. Встречаются менеджеры банков, которые настаивают на этом пункте. То можно включить.