Здравствуйте. Наверно всё же речь идёт о фактической жене, а не о гражданской. Гражданская жена та, которую отвели в ЗАГС. Если квартира не является совместно нажитым имуществом и дети не являются в ней собственниками, то нет никаких препятствий для продажи квартиры и у Вашей бывшей жены нет никаких законных оснований что-либо требовать.

Александр, дело вовсе не в том сколько и во сколько это было написано.)
У Вас то кейс принципиально отличается. Никто не сопротивлялся смене адреса регистрации это во-первых. Во-вторых ребенок регистрировался по новому месту жительства вместе с Вами, а не выписывался в воздух.
В вопросе четко наблюдается принципиальный отказ жены от смены регистрации. Именно в этом и заключена проблема. А если она этого не захочет, то предпримет все, чтобы смена регистрации была невозможно, например снимется с регистрационного учета по своему адресу и детей зарегистрировать будет попросту некуда. А получить 2/3 она не сможет, это уже ее нелепая фантазия.
Уважаемая Анна, а с чего Вы взяли, что в моём "опусе" речь шла о возникновении имущественных прав??? Либо Вы что-то упустили, ведь об этом не было ни слова, либо я замысловато выразился (ну, время то позднее было). К тому же автор вопроса так и не написал зарегистрирована ли мать вместе с детьми.
Резюме: если у матери нет альтернативной регистрации и иного места жительства то возникнут проблемы о которых я и написал.
А приводить очевидные тезисы, пытаясь подтвердить правильность своего предыдущего ответа несколько некорректно. Ваш ответ был ошибкой. Разберитесь в этом вопросе, тут интернет Вам придет на помощь и вопрос довольно распространенный.

"Причём условия по новому месту прописки должны быть не хуже предыдущего. К примеру, нельзя выписать его из отдельной квартиры в коммунальную. Отдельным требованием может стать нахождение нового жилья в том же районе, что и предыдущий." - это пишет человек со значком "про". слов нет...
хотя тут кто-то рассказывал что значок" про" получил потому что продавал несколько своих личных объектов в течение короткого промежутка времени...

Евгений (Морозов)
Благодарю Вас за оценку уровня моей компетенции. и за труды. Написать такой опус в половине пятого в ночь с субботы на воскресенье - дорогого стоит. Не хочу комментировать всё, что Вы написали. Расскажу Вам только о своём личном (даже не клиентском) опыте. В 2016 году я продал квартиру, площадью 108 м, в городе Мытищи, где был зарегистрирован вместе со своей несовершеннолетней дочерью. Больше никто в квартире зарегистрирован не был. Собственником был только я один. Поскольку деньги от продажи были вложены в строящийся дом, мы вместе с дочерью зарегистрировались в квартире, площадью 45 м, принадлежащей моей матери, расположенной в городе Королёв, Кроме мамы, меня и моей дочери в данной квартире был зарегистрирован ещё мой брат. То есть, четверо на 45 метрах. Ни в какой опеке мы не были и никаких вопросов паспортный стол нам не задавал. От нас приняли соответствующие заявления и зарегистрировали в установленные сроки.
Евгений. Дизлайк я Вам ставить не буду ибо Вы старались, фантазировали, писали в ночи. Наверняка руководствовались самыми лучшими побуждениями и хотели помочь автору вопроса, а не проехаться по уровню компетенции коллег и приподняться самому в собственных глазах. Но и на палец вверх Ваш ответ не тянет.

P.S. Не могу промолчать и ставлю палец вниз тем, кто ,как Григорий Остер, дает вредные советы.

1) Ключевой момент: что Вы называете "гражданским браком"? Если Вы зарегистрировали брак через ЗАГС и называете это гражданским, то у Вас в первую очередь жена имеет право на половину, так как имущество было приобретено в браке.
Если же Ваши отношения с женой узаконены не были, то и тут все просто не будет, это однозначно.
Если отец и мать живут и зарегистрированы по разным адресам, то ребёнок прописывается по одному из этих адресов. При этом согласие всех жильцов квартиры, где он будет прописан, не нужно (ст. 70 ЖК РФ). Жена может быть нигде не зарегистрирована и основной риск для нее это нюансы с получением медицинского обслуживания и если бы у нее был принципиальный отказ от выселения ее и детей, то она бы так и сделала.
Но пофантазируем. Предположим, что жена зарегистрирована по другому адресу. Тут тоже будут существовать различные сценарии и совместным снятием с регистрационного учета не обойдетесь.
Несовершеннолетние граждане у нас очень хорошо защищены законом и это довольно справедливо.
Ребёнок до 14 лет снимается с регистрации только вместе с одним из родителей. Для снятия с регистрационного учёта необходимо доказательство того, что ребёнок будет прописан по другому адресу. Причём условия по новому месту прописки должны быть не хуже предыдущего. К примеру, нельзя выписать его из отдельной квартиры в коммунальную. Отдельным требованием может стать нахождение нового жилья в том же районе, что и предыдущий.
Вы думаете на этом всё и готовы посудиться? Совершенно справедливо, но и тут Вас ждет пренеприятнейший сюрприз и если у детей и их матери нет жилья в собственности или по договору социального найма, то суд никогда не выпишет их в никуда. В таком случае Вам не останется ничего другого как договариваться. Быть может в отношении Вас, как собственника, как человека, который купил на финансовую помощь от родителей квартиру это выглядит не очень справедливо, то в отношении ответственности, который несет каждый из родителей детей - вполне.
Второй неприятный бонус: если в суде будет доказано, что выписка приведёт к изменению условий в худшую сторону для несовершеннолетних, то решение будет отрицательным.
Третий нежданчик: даже для обращения в суд Вам понадобится разрешение органов опеки на снятие с регистрации несовершеннолетних детей. А вот это разрешение можно получить соблюдая все требования ООП и (тут занавес) обратиться с этим заявлением должны ОБА родителя.
Ничего не буду писать про компетентность откликнувшихся, но если Вы поверите нескольким предыдущем советам то получите пренеприятнейший сюрприз и кроме потерянного времени и окончательно испорченных отношений не извлечете из ситуации ничего.

Никаких юридических прав на эту квартиру ни Ваши дети, ни гражданская жена -не имеют, поскольку квартира не куплена в зарегистрированном браке и дети не являются собственниками. Дети должны быть прописаны с любым из родителей. Если с женой такие проблемы- то выписывайтесь из этой квартиры и с детьми ( как отец) пропишитесь в другом месте. Или через суд требуйте выписку детей и их прописку у мамы. Видимо, супруга понимает, что вы юридически безграмотны в этом вопросе и утверждает не то, что является законным, а то, что выгодно ей.

"Я не могу продать квартиру так как она требует квартиру на детей площадью не менее 2/3 от площади этой квартиры." - в принципе можете. вам надо выписать детей и прописать их с мамой. это можно сделать через суд.
вообще, тут есть разные варианты развития событий, в зависимости от того, насколько решительно настроена ваша бывшая жена. поскольку она "гражданская" (то есть вы не были официально зарегистрированы), то номинально она никаких прав на эту квартиру не имеет. но. теоретически, она может подать в суд с доказательством фактического сожительства и тп, и требовать себе какую-то часть денег, полученных от продажи квартиры. в любом случае это будет не 2/3, а меньше. но сколько - зависит от суда.
если же она не настроена столь решительно, чтобы идти в суд (а это нерво-и времязатраты), вы можете просто предложить ей вменяемую сумму отступных от продажи вашей квартиры (условно говоря, 10-20%). и, соответственно, полюбовно утрясти все, не доводя до суда. разумеется, документально все зафиксировав. все детали подобного рода вам подскажет адвокат по бракоразводным делам, с такими вопросами лучше обратиться к нему.
ps да, можно этим не заморачиваться, а все делать без ее участия. но тогда есть шанс нарваться на ее активное противодействие через суд. если вас это не пугает (хотя противодействие может ничем и не закончиться) - тогда все нормально.