Здравствуйте! Вы не пишите, каким образом комнаты оформлены сейчас, но скорее всего это разные объекты с разными кадастровыми номерами. Если это так, то вам потребуется два этапа:
1. Купля продажи второй комнаты
2. Объединение двух объектов в один.
Сделать это в один прием не получится.

Но если комнаты не выделены (а вдруг) и приобретается не полноценный объект, а доля, то это можно сделать в один прием. Тогда вы просто заключаете ДКП доли, и просите в МФЦ (или нотариуса, если он будет передавать данные в Росреестр электронно) объединить доли в итоговой выписке ЕГРН.

1 комната общая долевая собственность, по 1/2 у каждого
2 комната отдельная, один собственник
сейчас у них разные кадастровые номера
я пытаюсь понять лучше при регистрации оформить все как один объект (двухкомнатную квартиру), либо оставить как есть, комната с долевой собственностью и вторая комната. Это может создать проблемы в дальнейшем?

Комната может быть оформлена как:
1. Комната
2. Как доля в квартире.

Вы не пишите, что у вас в документах.

В варианте 1, в комнате №2, в собственности у 2-х собственников - комната, где каждому принадлежит по 1/2 доли, например. И них долевая собственность, которая может быть оформлена в комнате, которая является отдельным объектом.
В этом случае у другого соседа, нет долевой собственности, у него целая комната, которая оформлена, как комната.

Не хватает информации конкретной от вас по документам. Неизвестно, какая ситуация у вас.

Если у всех долевая собственность - вариант 2. То будет покупка доли в квартире. Доли не важны.
У собственников комнаты №2 - доля в доле. Например, у них 1/2 доли в квартире что соответствует комнате №2 по плану БТИ, например, где каждому принадлежит по 1/2. Вариантов, как было написано в ДКП при покупке...много

Покупатель купит доли в квартире с режимом общей долевой собственности.
А в момент оформления, Росреест все объединит в целую квартиру, если вместе с этой сделкой, покупатель подаст и свои документы на другую комнату. Если не подать, то покупатель, получит еще одну ЕГРН на долю в квартире.

Если, все же у вас квартира разделена по комнатам, где одному принадлежит комната, а 2-м другим тоже принадлежит комната, но в долях, то покупатель купит комнату.
Так и останется 2 комнаты с разными кадастровыми номерами.

Если я правильно понял, то продается комната, покупать ее будут собственники другой комнаты. Цель получить квартиру как единый объект права. Если так, то правильнее продавать комнату, один продавец и два покупателя по 1/2 доли каждому.