Добрый вечер.
Анна, жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению (ч. 4 ст. 10 Федерального закона № 256-ФЗ). Это ответ на Ваш первый вопрос.
По второму вопросу: 1 м.р. налогообложению не подлежит, все остальное попадает под 13%
Минимальная цена для Вашего договора 70% от кадастровой стоимости.
У Вас точно право собственности возникло в 2019, а не в 2009 году? На ДКП 2009 года нет штампа о государственной регистрации права собственности?

Даниил, всё верно, вечером клиент скинул похожий договор от 2008 года, их подписывали сроком на десять лет, видимо у Анны был такой же. Договор подписали в 2009 году, последний платёж произвели в августе 2019 года согласно установленному графику (приложение к договору). Договор № 0000 купли-продажи жилого помещения с рассрочкой платежа в рамках Московской программы "Молодой семье - доступное жильё" или что-то подобное, со штампом Росреестра о регистрации договора от 2009 года, но без штампа о государственной регистрации права собственности. В августе 2019 года оформили долгожданное право после выплаты последнего платежа, на основании этого же договора со справкой о полной выплате согласно графику платежей, приложили оплату госпошлины на регистрацию права, с копиями паспортов, свидетельства о рождении ребёнка и прочими документами по списку, там справка об отсутствии задолженностей по коммунальным платежам и так далее по мелочам.
Анна, что касается налогов, то если продадите ранее минимального срока, то есть ранее пяти лет, то к сожалению придётся платить налоги. Да, можете использовать вычет по расходам в связи с тем, что были потрачены личные средства, а не субсидированные, но я приглянулся на Вашу цифру, она оказывается меньше одного миллиона, поэтому Вам лучше применить имущественный стандартный вычет на один миллион рублей, как посоветовал Даниил.
При грамотном подходе можно минимизировать налоги с учётом кадастровой стоимости, а также применить имущественные вычеты с покупки этой же квартиры, если ранее этим правом собственники не пользовались, но опять же, в рамках потраченных Вами средств, что составляет 924 352,56 руб. Если после продажи купите другую квартиру в том же налоговом периоде, тогда сможете в декларации учесть разницу всех полагаемых вычетов, чего не смогли добрать по первому договору купли-продажи. Одним словом работы хватает, всё нужно правильно посчитать и оформить, декларации с вычетами носят заявительный характер и сами по себе не заявляются. С уважением, Арман!

Если мне не изменяет память, я видел такие договора с городом. Право по ним при подписании действительно не регистрируется, но подлежит обязательной регистрации при условии полной оплаты стоимости квартиры. 99% уверен, что с этим сталкивался, но ситуация настолько редкая, что это было точно не более 1 раза за все время работы.

Анна, к чему нам информация от начала года? У Вас должен быть ЕГРН более свежего выпуска, в августе было зарегистрировано право на объект недвижимости. Это было сделано не так давно, на основании каких представленных документов получили право на собственность, что написано в свежем егрн в разделе документы основания?

К сожалению я не видела нашего экземпляра зарегистрированного в 2009 г. Экземпляра ДКП. Но когда я выписку из егрн в начале этого года запросила, то там четко было прописано , что собственник : Москва. И налог на квартиру мы ни разу не платили с 2009. Подавался однозначно ДКП с рассрочкой платежа на регистрацию.

По всей видимости, у них был предварительный договор, договор аренды с выкупом с центром аренды жилья при департаменте жилищной политики города Москвы, который был зарегистрирован в Росреесте.
Они платили один раз в квартал, в августе провели последний платёж, взяли список документов на всю семью для оформления в собственность и благополучно оформили. У меня сейчас антологичный в процессе оформления в собственность, там договор был от 2008 года. Документы до меня ещё не дошли, сегодня вечером человек скинет, но есть предположение, что все оплаченные поквартальные чеки, по выкупу квартиры можно будет заявить после продажи в качестве имущественного вычета по расходам. Более точно можно определить после того, как получу документы от 2008 года.

Анна, а не может быть, что в 2019г вы снимали обременение, а не собственность оформляли? Что за договор купли-продажи 2009г мог быть, что по нему не перешла собственность? Может по факту это был предварительный договор?