Здравствуйте. Порядок пользования определять не имеет смысла, как Вам уже ответили выше, на нового собственника он не распространяется. Важно, совершеннолетний ли ребенок, есть ли беспрепятственный доступ в квартиру, уведомлен ли участник долевой собственности надлежащим образом. Этом минимум для продажи Ваших долей в квартире, при которых у покупателя может быть интерес, и еще придется долго общаться по цене.

"Нужно ли нам для продажи долей определять порядок пользования или выделять доли в натуре ?" - если речь идет только об этом, то нет. проку от этого никакого, выделить доли в натуре сейчас нереально (у вас ведь не одноэтажный дом с 2 входами?), а порядок пользования автоматически обнуляется с новым собственником.
но при продаже своих долек у вас может возникнуть очень много других вопросов, см. ответ евгения тараканова.

Порядок пользования определять не нужно, так как при смене сособственника он будет не актуален. Просто выставляете на продажу доли и через нотариуса уведомляете сособственника с соблюдением правил ст.250 ГК РФ.

Вы сможете продать свои доли при текущем положении дел, при условии, что сын является совершеннолетним. Если нет, то потребуется согласие отца, а он, видимо, его не даст.

Но даже, если сын совершеннолетний, продать свои доли вы сможете только с большим дисконтом (30-50%), выполнив требования с. 250 ГК о праве преимущественной покупки, и удостоверив сделку у нотариуса. Если ваши намерения серьёзны, то с визита к нотариусу вам лучше и начать.