Кратко.
1. В случае расторжения сделки получаете то, что указано в договоре.
2. Лишаете себя возможности оптимизировать налоги в случае продажи квартиры до истечения минимального предельного срока владения.
3. Лишаете себя статуса "добросовестный покупатель", становитесь соучастником налогового преступления.
4. Существует вероятность доначисления НДФЛ Вам, поскольку стоимость покупки указанная в договоре явно не соответствует рыночной. Вы получаете доход в натуральной форме. Это не повсеместная и новая практика, но похожие прецеденты имеются.
Дополнительно рекомендую ознакомиться с Гражданский кодекс РФ, Статья 167. Общие положения о последствиях недействительности сделки и Статья 170. Недействительность мнимой и притворной сделок.

Оптимально - выбрать другую квартиру, занижение или завышение - не в ваших интересах. Обман с налогами - нарушение закона, а вы его соучастник. Про риски - в любых вариантах расторжения сделки (в т.ч. по суду, если продавец будет признан банкротом) вы получаете сумму, указанную в договоре. В случае, если у вас возникнет срочная необходимость продать квартиру - вы будете в ситуации, когда вам придется платить налог от разницы продажа/покупка, т.е. налог, который сейчас хочет сэкономить продавец в случае чего придется заплатить вам. Решать, конечно, вам, но зачем добровольно ухудшать свое положение, идти на риски - не понятно.
Помимо прочего деньги, переданные по "соглашению" могут считаться незаконным обогащением и Продавец благополучно может их отсудить у вас.