Доброе утро, была похожая ситуация - ИП использовал недвижимость в предпринимательских целях (сдавал в аренду) и через 5 лет продал ее как ФЛ. Налоговая посчитала, что нужно отчитываться и платить налог как ИП (система была УСН 6%). В Вашей ситуации, я думаю, нужно также отчитываться как ИП и платить налог как ИП.

У Вас был шанс продать недвижимость, как физ. лицо, но для этого нужно было сперва закрыть ИП полностью, не оставив хвостиков по налогам от предпринимательской деятельности с аренды и желательно только в следующем году (другой налоговый период) продать недвижимость.
С этим мнением многие уважаемые мной коллеги не согласятся, но мы с одним товарищем именно такой режим рассматриваем и надеемся, что здравый смысл возьмёт вверх и человек, который закрыл ИП и полностью рассчитался с государством за предыдущие дела и налоговые периоды - имеет право стать обычным физическим лицом по отношению, к которому будут применяться все нормы и стандарты по доходам физ. лиц и минимальный срок владения недвижимым имуществом будет учитываться и применяться. В этом вопросе очень много тонкостей и каждый шаг с ИП и без него должен иметь логическую последовательность, иначе налог достигнет за каждую оплошность. С уважением, Арман!