1. Чтобы получить налоговый вычет на покупку, необходимо будет предоставить в налоговую документ, подтверждающий оплату суммы договора.
2. Если предоставите такой документ, но с суммой выше, чем в договоре, то и сами ничего больше, чем с суммы договора не получите, и подставитесь вместе с продавцом под разбирательство налоговой, которое еще неизвестно чем может закончится - начиная от отказа в получении вычета и заканчивая немаленькими штрафами за участие в обмане.
Риэлтор, если бы он был не только у продавца, но и у вас, обязательно разъяснил бы вам все еще до сделки.
Если сейчас по сумме договора не набираете на полный вычет, то знайте, что остаток положенной Вам суммы сохранится за вами, так что когда-нибудь еще сможете его получить - жизнь кончается не завтра, и вполне вероятно, что будете продавать эту квартиру и покупать другую, тогда и получите остаток.

Сумма в платежном документе должна совпадать с ценой в договоре. Если не совпадает (больше, например), составьте с продавцом допсоглашение на разницу в счет уплаты вами им за неотделимые улучшения (ремонт, например) и мебель.

То есть проблем с тем , что две разные суммы указаны в чеке и в договоре , не возникнет?!

Налоговый вычет предоставляется с суммы до 2 миллионов рублей (до 260 тысяч рублей). Если Вы указали сумму меньше 2 миллионов, вычет будет предоставлен с суммы в ДКП.