Здравствуйте. Если заявите вычет в размере понесённых и документально подтверждённых расходов на приобретение продаваемой квартиры (9 млн), то при её продаже налог будет нужно уплатить с разницы между ценой продажи (12 млн) и ценой покупки. 3 млн х 13%= 390 000. Покупка следующей квартиры никакой роли в Вашем случае не играет.

Добрый вечер. Продажа и последующая покупка с точки зрения действующего налогового законодательства никак между собой не связаны. Бытующее мнение, что при продаже и одновременной покупке и в случае как бы отсутствия дохода обязанности по уплате налога не возникает в корне неправильно. Продал - получил доход - заплати налог. Доходом признается все, что получено налогоплательщиком в виде какой-либо выгоды.
Применительно к описанной в вопросе ситуации. Получен доход 12 м.р. (налоговая база), он подлежит налогообложению. Есть возможность уменьшить налоговую базу за счет средств потраченных на покупку. В нашем случае это 9 м.р. Получаем (12-9)*13% = 390 т.р. Если 12 м.р. меньше кадастровой стоимости*0,7, то вместо 3,15 базой для начисления налога будет КС*0,7.
Вместе с тем, ст. 220 Налогового кодекса РФ предусмотрена возможность получения налогового вычета при покупке (по затратам на покупку и по сумме процентов за пользование ипотекой). Вычет по затратам на покупку ограничен 2 м.р., что в налоговом выражении будет 2 м.р.*13% = 260 т.р. Вычет по сумме процентов за пользование ипотекой ограничен 3 м.р., что в налоговом выражении будет 3 м.р.*13% = 390 т.р. Но у Вас это право реализовано ранее, значит воспользоваться им уже не получится.
В итоге подлежащий уплате налог для Вашей ситуации будет 390 т.р.