"В целях настоящего пункта и пункта 3 настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, при исчислении минимального предельного срока владения продаваемыми жилым помещением или долей (долями) в нем в срок нахождения в собственности налогоплательщика этих жилого помещения или доли (долей) в нем включается срок нахождения в собственности такого налогоплательщика освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем." Согласно п.2 статьи 217.1 НК РФ
Учитывая. что срок владения двухкомнатной квартирой более пяти лет, то этот срок включается в срок владения трехкомнатной квартирой, полученной по программе реновации . При этом, также можно учесть документально подтверждённые расходы по приобретению трёхкомнатной квартиры - вашу доплату. Опять же, в случае с единственным жильем с 01.01.2020 года вступают в силу изменения в законодательстве, согласно которым минимальный предельный срок при продаже единственного жилья составит три года.