что значит "Недавно нам вернули часть первоначального взноса при покупке квартиры"?
вы продали квартиру, которую купили в ипотеку?
кто вам вернул?
как взяли налог? вы подавали декларацию?
не понятно....

Спасибо. Я, в принципе, так и думал. Просто ужасно жалко за раз отдавать несколько десятков тысяч рублей кому-то как бы не за что.

Вы внесли деньги за КВАРТИРУ. Квартира у Вас. Она не подешевела, не уменьшилась, т.е. она и сейчас стоит столько же, сколько Вы за нее платили.
Вам оказали материальную помощь, в связи с покупкой квартиры, - это даже нельзя назвать возвратом Ваших денег. Поэтому такая выплата является доходом.
Если считать это возвратом Ваших денег, то тогда получается, что соответствующую часть квартиры Вы получили даром, что всё равно расценивается законом, как доход, только в натуральном виде.
В общем, налог неизбежен и в том, и в другом случае.

Спасибо за ответы. Но все равно не понятно. Я внес первоначальный взнос СВОИМИ деньгами наличкой. Сейчас мне вернули часть МОИХ ЖЕ денег. Почему я должен платить за них проценты?

Если проценты гасит работодатель, то вычет не дадут. А возврат части первоначального взноса , т.е. части оплаты денег за квартиру - это чистой воды доход.

Тогда это ваш доход, со всеми вытекающими.
С процентов по ипотеке вам положен налоговый вычет (подарок от государства, а не от РД), в реальности это 13% от уплаченных процентов по ипотеке.

Квартира куплена в ипотеку с помощью софинансирования моего работодателя. РД компенсирует мне проценты по ипотеке. В конце 2018г РД вернул мне на карту часть денег от первоначального взноса. В ведомости по карте было указано, что из этой суммы удержано 13%. Почему? Это мой доход?

Вопрос не понятен, уточните кто вам вернул первоначальный взнос и почему?