Если хотите продавать квартиру, то маткапитал не следует использовать. Так как впоследствии нужно будет выделять доли всем членам семьи , включая супругу и всех детей без исключения. Продажа такой квартиры возможна будет только с разрешения опеки.
Пока вы единственный собственник квартиры, то достаточно иметь согласие супруги на продажу. Минимальный срок владения 5 лет, но в случае единственного жилья с 2020 года срок будет 3 года. Учитывая что квартира была куплена Вами, то можно оптимизировать налог. Вы имеете право уменьшить доход от продажи своей квартиры на фактически произведённые и документально подтверждённые расходы, связанные приобретением этой квартиры. Доходом признается разница между суммой продажи и суммой затрат на приобретение. С этой суммы и нужно уплатить 13%. Так же можете воспользоваться вычетом при покупке (если ещё не использовали) и вычетом за уплаченные %% по ипотеке. Для точного подсчета налогов нужно знать стоимость продажи по ДКП и кадастровую.

"Многие пишут, что после трех лет, нет налога, а кто то пишет, что только после 5 лет. Где истина?" - на сегодняшний день минимальный -срок 5 лет, с 2020 года -3 года при условии , что это единственное жильё налогоплательщика.

Мат.капитал использован, ипотека погашена. Доли сейчас будем выделять! В мае 2020 года, будет три года владения! Вот и был вопрос , придется платить налог с продажи или нет! Многие пишут, что после трех лет, нет налога, а кто то пишет, что только после 5 лет. Где истина?

Если покупали до 2016 года, то от налога освобождены по прошествии ТРЕХ лет, а не пяти.
Ипотека выплачена, значит, маткапитал, как я понимаю, уже использовали.
Но если маткапитал еще не "вкладывали" в покупку, то уже и не вложите после выплаты ипотеки.
Не можете продавать квартиру, пока не выделите доли членам семьи по маткапиталу.
Доли выделяйте детям минимальные.
В опеку за разрешением на продажу все равно придется идти.
С налогами вопрос не прокомментировать, т.к. мало в вопросе информации.