Насколько я знаю льготная ипотека для семей с детьми, где ребенок родился после 01.01.2018 не предполагает обязательства выделения доли в приобретаемой/приобретенной квартире как это есть при использования материнского капитала. Следовательно, речь идет об обычной ипотеке с той лишь разницей, что она дешевле (меньше ставка). Таким образом, продажа такой квартиры в будущем возможна без каких-либо дополнительных сложностей на общих основаниях.

Да, Даниил прав.
Я немного неправильно поняла вопрос: если просто будете покупать с льготной ипотекой, то проблем не будет.
Если планируете использовать МК на погашение ипотеки, то проблемы будут.

Конечно сложности с последующей продажей будут, как минимум, это выделение долей детям и прохождение опеки. Если планируете потом продавать, не гасите кредит материнским капиталом.
Ну и максимальная сумма сейчас при льготной ипотеке - 3млн