А второй не пролетает. После исполнения обязательств по ипотеке.

3 доли. Родитель на кого оформлена ипотека и мат. капитал (В случае режима раздельной собственности) и оба ребенка. Выделите доли на детей пропорционально сумме маткапитала, а не по 1/3! Остальное на Родителя.

25 лет ипотеки- серьезный срок. Даже если часть выплатите досрочно, то все равно есть вероятность ипотечных платежей более десяти лет. За это время многое может в жизни измениться. Например: потеря работы ( не дай бог!), желание обменять квартиру на другую, побольше …. и прочее.
Крепко подумайте, прежде чем торопиться задействовать мат капитал! Использовав мат капитал вы лишаетесь возможности продать квартиру из-под залога до момента полной выплаты и наделения детей долями.
В связи с этим советую использовать маткапитал только после выплаты большей части ипотеки, когда точно будете понимать, что квартиру продавать не придётся. Или вообще не использовать его в данном случае, а оставить на обучение детей.

Нужно выделить долю и первому, и второму ребенку, а также второму супругу . И сделать это нужно в течение шести месяцев с момента погашения ипотеки и снятия обременения с квартиры.