Если АПП уже подписан, то не думаю, что с регистрацией будут проблемы. Никому в Росреестре не интересны её замечания к застройщику. Важно, чтоб реквизиты/подписи/печати были.
А то, что она написала (видимо "от руки") непонятно зачем в АПП, не произведёт никакого впечатления на регистратора. Но никто не мешает снова обратиться к менеджеру в офисе застройщика и попросить переподписать документ той же датой. Хотя , имеют права не пойти ей на встречу...

Добрый день. Не знаю, не сдавал документы с приписками от руки, но вот мне кажется, что такой документ гос.регистратор не примет, ну разве, что к припискам будет подпись дольщика и печать/подпись представителя юр.лица. Все же это правоустанавливающий документ...

А что вы имеете ввиду под "как оказалось"?

Проблем никаких не должно быть. Подписанный акт означает, что сестра приняла квартиру от Застройщика. Перечень недостатков - это вопросы отношений собственника квартиры и Застройщика, которые будут решаться (или не решаться) независимо от получения титула собственности.

В Росреестре всё пройдёт, а акт с замечаниями менять ради регистрации перехода права не следует ни в коем случае. Акт для того и существует, чтобы там отображать подобные вещи, что вполне понятно и раз покупатель инициировал данные замечания - это значит, что недочёты есть на самом деле и человека это слегка тревожит, они были вписаны и подписаны сторонами, что является основанием и позволяет покупателю обратиться в суд при отказе исправления недостатков.